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Jesús Silva-Herzog Márquez, profesor de la escuela de gobierno del Tecnológico de Monterrey, consideró que el Informe de la Presidencia de la Comisión para la Verdad y el Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa, presentado por Alejandro Encinas, ha suscitado una escalada de opiniones que oscilan desde las descalificaciones que afirman que no se dijo nada nuevo ni hay un cambio sustancial en la “verdad histórica”, hasta las más entusiastas que confían plenamente en que el documento traza la ruta hacia la verdad, la justicia y la reparación del daño.
Agregó que merece más confianza Encinas que Tomás Zerón o Jesús Murillo Karam, responsables directos de la versión anterior. Pero se asume que podría tratarse de un sesgo político considerando las militancias de uno y otros.

Rafael Cardona, en su cristalazo, consideró que, según la primera versión oficial de entonces, divulgada durante la administración de Enrique Peña Nieto, los desaparecidos fueron entregados aquella noche por policías municipales al grupo criminal Guerreros Unidos.
La investigación que llegó a estas conclusiones fue liderada por el ex procurador general de la República, Jesús Murillo Karam y el jefe de investigación Tomás Zerón.
Agrego que organizaciones como Amnistía Internacional estimaron que la "verdad histórica" no había "atendido adecuadamente la línea de investigación", demostrando la existencia de "una enorme red de complicidades que involucran a autoridades en todos los niveles del Estado mexicano".